Der Geschäftsbereich Zentrales Controlling (GB ZCO) des UKE befasst sich im Wesentlichen mit der Planung, Steuerung und Aufbereitung von Daten auf unterschiedlichen Ebenen, insbesondere unter ökonomischen und medizinischen Aspekten.

Neben dem originären Controlling sind die Bereiche Medizincontrolling, Kosten- und Leistungsrechnung, Business Warehouse und International Office diesem Geschäftsbereich zugeordnet.